Havnen
Byens grundlæggelse skyldes havnen. Sæby er formentlig opstået som et fiskerleje ved Sæby Å’s udløb i Kattegat. Muligvis har der lidt længere inde i landet været lidt bebyggelse, men ikke nord for åen.
I første omgang kom fiskere til det store sildefiskeri omkring 1400. Silden stod i store stimer ned og op langs kysten i forårs- og efterårsæsonen. På grund af den katolske kirkes mange fastedage, og den saltede silds lange holdbarhed var der gode penge i sildefiskeri.
Den katolske Børglumbisp, som var den største godsejer i Vendsyssel, havde behov for et udskibningssted (uden om købstaden Aalborg, hvor han skulle betale skatter og afgifter) for de landbrugsprodukter, som hans fæstebønder betalte i landgilde (den afgift bønderne skulle betale for brug af jorden) og hans blik faldt på åmundingen som en velegnet havn. Biskop Jakob (Jep) Friis anlagde havn og kirke i Sæby og var i høj grad med til at anlægge Sæby som købstad.
Havnen var således grunden til byens opståen og vækst i middelalderen og den var grunden til stagnation i 16-1700 tallet p.g.a. manglende vedligehold og tilsanding. Først i 1870'erne, da der blev bygget en dæmning over åen, så den førtes ud nord for havnen, kom der igen en brugbar havn. I 1909-11 udbyggedes en egentlig industrihavn.
Havnen i dag
I 1870'erne byggedes en dæmning tværs over åen, hvor værftbygningerne (de sort/hvide træhuse) i dag ligger. Herved blev åen ledt uden om havnen. Dette, og en udbygning i 1900-tallet skabte igen en god havn i Sæby.
Nu blev det fiskeriet, der igen kom til at fylde havnen. Her var auktion, fiskeeksport, røgerier og fiskeindustrier.
I dag er der dog intet fiskeri eller maritimt erhverv tilbage i Sæby Havn - bortset fra et par fiskerestauranter, men der ses stadig markante bygninger fra den erhvervsaktive periode.
Men en af verdens største producenter af fiskekonserves - makrel i tomat ligger stadig i Sæby, nemlig Sæby Fiskeindustri, som producerer omkring 100 mill. dåser makrel.
Den ny redningsstation fra 1990 er stadig aktiv - den gamle fra 1931 på værftgrunden kan stadig ses. Ligeledes Sømandshjemmet (lejligheder og butik) og smedjen (cafe) kan ses idag.
Transport af jøder til Sverige under 2. verdenskrig
Under 2. verdenskrig var Sæby udgangspunkt for transport af jøder som flygtede til Sverige. Flygtningene blev gemt i varehusene indtil den patruljerende politimand gav et signal, hvorefter de blev smuglet ombord på en fiskekutter.
På et tidspunkt rationerede tyskerne brændstoffet, så kutterne kun kunne sejle ud til fiskerbankerne og retur. Det betød at man var nødt til at mødes med en båd fra Sverige halvvejs.
De flygtninge der havde penge betalte for turen, men havde flygtningene ingen penge, kom de gratis med.